在我国，由于受计划经济的巨大影响，在大学内部管理中，传统的行政管理模式并没有实质性的改变，行政职能泛化、行政级别分明，大学的学术品行得不到显现。

我国高等学校的治理现状存在着诸多的问题，与现代大学制度的要求存在极大的差距，其中最主要体现在以下三个方面：

1、责权不明确，教代会监督权弱化

《高等教育法》虽然规定了党委和校长的职责范围，在具体的管理活动中，校长与党委存在着职能交叉、重叠的现象。

另外，《高等教育法》第43条规定：“高等学校通过以教师为主体的教职工代表大会等组织形式，依法保障教职工参与民主管理和监督，维护教职工合法权益。”然而，在实际运作中，教代会对校党委决策权的监督，以及对高校行政权的监督都还存在问题。

2、学术权力与行政权力失衡，学术权力不断萎缩

加拿大学者许美德将“学校自治”和“学术自由”作为西方大学的基本价值取向，并指出其作为“历史遗产的组成部分被延续下来”，大学组织的意义首先应该是作为“专门化”和“学术性”组织，其次才是行政组织。

但是在我国，由于受计划经济的巨大影响，在大学内部管理中，传统的行政管理模式并没有实质性的改变，行政职能泛化、行政级别分明，大学的学术品行得不到显现。

3、学校、院、系权责不对等

目前，我国大学校、院、系的直线职能式组织结构，基本上属于行政系统和生产企业沿用的科层式管理体制。

这种以“贯彻执行”为主要内容的行政管理体制，用来管理谋求研究创新和高学术水平的大学就显得很不适应，其结果往往和预期目标相差甚远。

其弊端是十分明显的；一是校领导陷于具体、琐碎、繁重的行政管理事务中，难以集中精力考虑涉及大学长远发展的重大事情。

二是院系权力小、责任大，既违背权责对等的管理原则，也不利于调动院系参与大学治理结构的积极性。

三是纵向的信息传递渠道导致信息传递过程受阻、内容扭曲。

四是过于强调等级秩序和层次，不利于调动广大教职员工参与大学治理结构的积极性，不利于形成平等、宽松、自由的学术环境，不利于形成民主监督、权力制衡的机制。